Я не вижу тут особой проблемы. Это общее место, что качество/свойство объекта может быть феноменально зафиксировано на уровне, высшем чем сам объект: химизм не на уровне электромагнитных взаимодействий, жизнь не на уровне химических и т.д. И с этой стороны, безусловно, констатация несводимости и есть констатация наличия уровней реальности. Вы правы, принимая разноуровневость качеств элементов и системы мы автоматически должны отказаться от редукционизма. Или с другой стороны, если не говорить об уровнях, а оперировать только качествами элементов одного из них (внутри уровня), то вообще принципиально невозможно говорить о какой-либо сводимости, поскольку не к чем и сводить - то, к чему могло бы быть сведено не формулируется (не распознается) на текущем уровне.

Вы очень точно поставили проблему методологической однозначности "уровневости" и "нередукционности". И из ее понимания именно следует невозможность редукции. Повторю: либо из соображения необходимости привлечения метауровня ("внешней системы"), либо из соображения неформулируемости качеств высшего уровня в терминах низшего. То есть как ни крути...